菠蘿蛋白酶廣泛存在于菠蘿的果實、芽、葉、莖中，從菠蘿的果實中提取的成為果菠蘿蛋白酶，從菠蘿的莖中提取的成為莖菠蘿蛋白酶。菠蘿蛋白酶的分子量為33kDa，是典型的巰基蛋白酶，能分解蛋白質(zhì)、肽、酯、酰胺。它水解蛋白的活性比木瓜蛋白酶的活性高10倍以上，因此有著廣泛的用途。它作為食品添加劑可用于肉質(zhì)嫩化、啤酒澄清，還可用于干酪、明膠、水解蛋白酶的生產(chǎn)。提取菠蘿蛋白酶的傳統(tǒng)工藝有3種：有機(jī)溶劑沉淀法、單寧沉淀法和高嶺土吸附法。這三種方法雖然生產(chǎn)工藝簡單、投資少，但是工藝周期長，菠蘿汁容易變質(zhì)。而且，單寧和有機(jī)溶劑會使酶變性，產(chǎn)品活性不高;高嶺土吸附法的生產(chǎn)工藝和操作都很復(fù)雜，原材料消耗量大，酶的活性和總收率較低，且高嶺土的產(chǎn)地對吸附法有著很大的影響。

超濾法提取菠蘿蛋白酶的主要工藝操作包括以下幾步：

壓榨：將菠蘿莖洗凈，用壓榨機(jī)壓出汁液，加入0.05%的苯甲酸鈉防腐，經(jīng)臥螺+碟分迅速過濾除雜質(zhì);

超濾分離濃縮：將澄清汁液在超濾設(shè)備中濃縮分離，使體積濃縮至原體積的1/5;

沉淀：將濃縮液降溫至0-4℃，邊攪拌邊加入-20℃95%的乙醇，直至混合液中的乙醇濃度為50%，靜置使酶沉淀，移出上清液，即得濕酶;

干燥：將濕酶在0℃下減壓干燥或冷凍真空干燥即得菠蘿蛋白酶精品。